Durante su mandato duplicó el número de escuelas en la entidad, equilibró económicamente las finanzas del estado, realizó importantes obras públicas como caminos locales y la reconstrucción del Palacio de Gobierno, fundó EscuelasNormales (escuelas para capacitar a maestros), levantó cartas geográficas y planos de la ciudad de Oaxaca y fundó el puerto de Huatulco para facilitar el transporte de mercancías desde el puerto de Acapulco.
Tras un problema político con el dictador Antonio López de Santa Anna, presidente de México por undécima ocasión, fue encerrado en la cárcel de San Juan de Ulúa, y más tarde desterrado a la isla de Cuba para después ser llevado aNueva Orleans en Estados Unidos. Allí conoció a varios personajes (Ocampo, Mata, Arriaga y Montenegro) que también sufrían del destierro y persecución de Santa Anna, con quienes planeó regresar a México y conquistar el poder público.
Gracias al triunfo de la Revolución de Ayutla en la cual, Juárez participó activamente, logró derrocar al dictadorSanta Anna y regresó a México a seguir con su carrera política. En 1858 fue nombrado presidente, convirtiéndose en el primer mandatario de origen indígena, en un país lleno de desigualdades y luchas internas por el poder.
El “Benemérito de la Patria y de las Américas” como fue declarado al morir, promulgó varias leyes que eliminaban los privilegios desmedidos que gozaban al clero y el ejército, mismos que desconocieron su gobierno y trataron de eliminarlo. Por esta razón fue obligado a mover su gobierno por varios estados del país en una especie de presidencia itinerante para evitar ser capturado.