En 1861, debido a la situación precaria del país y a su alto endeudamiento, Juárez anunció la suspensión de pagos de la deuda externa, por lo que España, Francia y Reino Unido, principales gobiernos afectados, decidieron invadir el territorio mexicano como defensa de sus intereses. Tras varias negociaciones, finalmente Juárez derogó la Ley deSuspensión de Pagos y los ejércitos español e inglés regresaron a su país. Pero los franceses interesados en instaurar una monarquía, continuaron con su invasión. Las tropas galas ingresaron a Veracruz con relativa facilidad, pero fueron recibidos en Puebla por las tropas de Juárez en la célebre Batalla del 5 de Mayo, donde fue vencido el que era considerado el más poderoso ejército del mundo.
Este tipo de logros le dio mucha popularidad a Juárez en todo el mundo, sin embargo, los conservadores junto con laIglesia, siempre en desacuerdo con las reformas liberales, ofrecieron en 1863 la corona del Segundo Imperio Mexicano, al austriaco, Maximiliano de Habsburgo, iniciándose así otro episodio de disputas por el poder. Tras varias batallas en el norte y centro del país, finalmente Juárez derrota a Maximiliano y lo manda fusilar, poniendo fin al intento por establecer un imperio patrocinado, principalmente, por Francia y el Vaticano.
Los cambios que hizo Juárez en México a lo largo de su paso por la presidencia, fueron primordiales para fomentar la igualdad y restar poder a la iglesia que dominó por muchos años la economía, la educación y la vida social de México.
Con las reformas promulgadas durante el gobierno de Juárez, se logró: suprimir el fuero al clero y al ejército; declarar a todos los individuos iguales ante la ley; prohibir el cobro y derecho de obligaciones parroquiales como el diezmo; que los bienes, propiedad de las iglesias, pasaran a manos del Estado; declarar la libertad de cultos; prohibir la existencia de claustros y conventos; y que el registro de los nacimientos, matrimonios y defunciones pasara a manos del Estado (registro civil).
Benito Juárez, muere el 18 de julio de 1872, víctima de angina de pecho, en la Ciudad de México, dejando un gran legado que sobrevive hasta nuestros días.